Permasalahan lain yang terjadi pada laboratorium IPA di sekolah terjadi pada ruang yang tidak layak digunakan, hal ini dapat disebabkan karena terjadi kebocoran pada atap, instalasi listrik yang sudah tidak layak pakai, kursi atau meja kerja banyak yang rusak, kurangnya pencahayaan, macetnya sarana air bersihserta beberapa masalah kekurangan sarana prasarana lainnya.
Artikel lainnya: Pendidik Profesional
Kondisi laboratorium IPA di sekolah sebagaimana yang telah dipaparkan di atas sangat berbeda dengan kondisi ideal laboratorium yang diharapkan. Semestinya sekolah memiliki laboratorium IPA yang dapat digunakan sebagai sarana fasilitasi pembelajaran IPA yang memerlukan kegiatan percobaan sebagaimana karakteristik pembelajaran IPA, sehingga peserta didik memperoleh pengalaman belajar secara empiris.
Laboratorium IPA yang lengkap dan terkelola dengan baik diharapkan memberikan kenyamanan bagi peserta didik belajar. Kelengkapan alat dan bahan sangat memudahkan peserta didik dalam mendapatkan pengalaman belajar untuk memperoleh keilmuan dengan pendekatan penelitian yang menjadi tujuan kegiatan laboratorium tersebut.
