Permasalahan alat dan bahan diantaranya adalah keberadaan alat yang tidak layak pakai karena rusak atau tidak lengkap, sehingga penggunaan alat labor IPA hanya bisa dilakukan melalui demonstrasi yang sederhana bahkan ada yang hanya bersifat pengenalan saja.Jumlah alat dan bahan pada laboratorium untuk jenis kegiatan yang terbatas mengakibatkan kegiatan praktek hanya bisa dilakukan melalui demonstrasi saja, kalaupun diadakan kegiatan berkelompok jumlah peserta didik dalam satu kelompok tidak efektif rasionya. Satu kelompok diisi 7 sampai 10 orangpeserta didik, idealnya agar pembelajaran yang dilakukan lebih bermakna, jumlah peserta didik dalam satu kelompok 4 sampai 6 orang.
Permasalahan lain yang terjadi pada laboratorium IPA di sekolah terjadi pada ruang yang tidak layak digunakan, hal ini dapat disebabkan karena terjadi kebocoran pada atap, instalasi listrik yang sudah tidak layak pakai, kursi atau meja kerja banyak yang rusak, kurangnya pencahayaan, macetnya sarana air bersihserta beberapa masalah kekurangan sarana prasarana lainnya.
Artikel lainnya: Pendidik Profesional
Kondisi laboratorium IPA di sekolah sebagaimana yang telah dipaparkan di atas sangat berbeda dengan kondisi ideal laboratorium yang diharapkan. Semestinya sekolah memiliki laboratorium IPA yang dapat digunakan sebagai sarana fasilitasi pembelajaran IPA yang memerlukan kegiatan percobaan sebagaimana karakteristik pembelajaran IPA, sehingga peserta didik memperoleh pengalaman belajar secara empiris.
