Rendahnya penggunaan laboratorium IPA dalam proses pembelajaran disebabkan oleh berbagai hal diantaranya, kondisi laboratorium IPA yang tidak layak digunakan untuk tempat pembelajaran,kekurangan alat dan bahan, sarana prasarana yang tidak lengkap, kemampuan guru dalam menggunakan alat IPA, serta kemampuan guru IPA dalam mengelola laboratorium.
Permasalahan alat dan bahan diantaranya adalah keberadaan alat yang tidak layak pakai karena rusak atau tidak lengkap, sehingga penggunaan alat labor IPA hanya bisa dilakukan melalui demonstrasi yang sederhana bahkan ada yang hanya bersifat pengenalan saja.Jumlah alat dan bahan pada laboratorium untuk jenis kegiatan yang terbatas mengakibatkan kegiatan praktek hanya bisa dilakukan melalui demonstrasi saja, kalaupun diadakan kegiatan berkelompok jumlah peserta didik dalam satu kelompok tidak efektif rasionya. Satu kelompok diisi 7 sampai 10 orangpeserta didik, idealnya agar pembelajaran yang dilakukan lebih bermakna, jumlah peserta didik dalam satu kelompok 4 sampai 6 orang.
