Disamping keunggulan, PJJ juga memiliki kelemahan. Dari hasil survei Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia serta Komisi Perlindungan anak Indonesia (KPAI) pada bulan Mei 2020 silam, pembelajaran jarak jauh banyak didapati kekurangan dan kelemahannya seperti, keterbatasan jaringan, ketersediaan kuota, kesiapan sumber daya manusia yang akan mengoperasikan aplikasi, ketersediaan alat (android) termasuk kesulitan pemantauan peserta didik oleh guru.
Hal ini disebabkan karena pembelajaran tidak dilakukan secara tatap muka langsung yang bisa dikoordinir langsung oleh guru di dalam kelas. Guru mengalami kesulitan dalam memantau siswa secara keseluruhan.
Interaksi antara peserta didik dan guru yang tidak lagi intens secara langsung di kelas dan dapat memperlambat proses pemahaman materi pembelajaran itu sendiri. Disamping itu pada saat ini, proses pembelajaran yang terjadi lebih dominan ke arah pelatihan dari pada pendidikan secara intens dalam nilai dan karakter.
Walaupun guru setiap pertemuan dalam pembelajaran daring telah mengingatkan peserta didik dalam hal penanaman karakter, tapi karena berlangsung jarak jauh maka guru kesulitan memantau penerapan nilai dan karakter tersebut apakah dilakukan oleh peserta didik saat itu atau tidak. Begitulah keunggulan dan kelemahan sistem PJJ saat ini. Mudah-mudahan pandemi covid-19 segera cepat berlalu. Semoga.