Memasuki babak II, pola serangan Timnas Indonesia masih tetap monoton. Walau begitu, berkat kemampuan individu yang sudah baik, mereka masih mampu memberikan perlawanan pada pasukan Jepang. Hanya berselang 3 menit babak II dimulai, gawang Indonesia kembali kebobolan lewat sepakan Yamada Kota di menit ke-48.
Seperti tak memberi ampun, Jepang makin mengganas. Hanya berselang satu menit, Timnas Jepang mencetak gol ketiga melalui Ando Mizuki menit ke 49. Lagi lagi, gol lahir dari kesalahan pemain belakang Indonesia Rifad Marasabessy yang gagal melakukan sapuan dengan baik.
Tertinggal 3 gol, Bima Sakti berupaya melakukan perubahan dengan memainkan Muhammad
Iqbal pada menit ke 60. Selain itu, Egy Maulana juga ditarikan dan digantikan Witan Sulaeman menit ke-72. Namun, serangan yang masih monoton, selalu terbaca oleh para pemain Jepang.
Walau telah melakukan perubahan, lagi lagi gawang Indonesia kebobolan. Kembali gol tercipta akibat kesalahan pemain belakang yang berujung penalti pada menit ke 80. Hadiah penalti mereka dapat lantaran Julyano Nono melanggar Ando Mizuki di kotak terlarang. Hadiah penalti itu dimaksimalkan Mizuki untuk mencetak gol keduanya dan merubah kedudukan menjadi 0-4.
Mudah terbacanya pola permainan Timnas, membuat para penonton menjadi kesal. Malahan, para penonton meminta agar Indra Sjafri dikembalikan, untuk melatih timnas U-19. Yel yel ini terus menggema lebih kurang selama 1 menit.
