Kegiatan belajar mengajar berbasis kompetensi menantang guru biologi agar berinovasi dalam merancang proses pembelajaran. Inovasi yang dapat dilakukan oleh guru biologi dalam proses pembelajaran antara lain, pertama, proses pembelajaran yang semula terfokus pada eksplorasi, elaborasi dan konfirmasi harus dapat diciptaan oleh guru dengan menambahkan pengalaman belajar mengamati, menanya, mencoba, menalar, dan mengkomunikasikan.
Kedua, harus kreatif dan mampu menggunakan model pembelajaran, seperti pada materi tentang sistem peredaran darah. Guru dapat menggunakan model pembelajaran project based learning membuat peserta didik lebih memahami bagaimana proses tersebut terjadi dalam dirinya sehingga mampu menciptakan pembelajaran yang menyenangkan.
Ketiga, melakukan pembelajaran di luar kelas. Pembelajaran biologi selain dilakukan di dalam kelas, sebaiknya juga dilakukan di luar kelas, seperti di lingkungan sekolah dan masyarakat. Sehingga dapat memberikan penyegaran dan suasana yang berbeda bagi peserta didik dalam pembelajaran biologi. Misalnya dalam mempelajari ekosistem dan keanekaragaman hayati, plantae peserta didik belajar di sawah, kebun, lapangan, di hutan, mempelajari animalia di kebun binatang, di laut dan lain sebagainya
