Memasuki babak kedua, timnas Indonesia melakukan perubahan. Elkan Baggott dimasukkan untuk menggantikan Ramai Rumakiek.
Shin Tae-yong tampaknya ingin memperkuat pertahanan timnas Indonesia setelah unggul atas Malaysia.
Beberapa saat setelah Elkan Baggott masuk, timnas Indonesia menambah keunggulan pada menit ke-50 lewat aksi Pratama Arhan.
Pratama Arhan menerima umpan tarik Irfan Jaya dari sisi kanan. Bek sayap PSIS Semarang itu kemudian melakukan kontrol sebelum menembak bola ke gawang Malaysia dengan kaki kirinya dari luar kotak penalti.
Bola sepakan Pratama Arhan meluncur deras dan menukik. Kiper Khairul Fahmi tak mampu membendungnya.
Gol Pratama Arhan membuat mental timnas Malaysia jatuh. Timnas Indonesia memanfaatkan kondisi itu dengan terus menggempur pertahanan pasukan Tan Cheng Hoe.
Pada menit ke-55, Indonesia sebetulnya bisa mencetak gol keempat andai Irfan Jaya lebih tenang saat melakukan finishing di depan gawang Malaysia.
Namun, peluang itu terbuang percuma karena sepakan kaki kanan Irfan Jaya menyamping di sisi kanan gawang lawan.
Empat menit berselang, gawang Indonesia sempat dijebol Syafiq Ahmad. Namun, gol itu dianggap tidak sah. Sebelum tendangan Syafiq Ahmad, Dion Cools melakukan gangguan disaat Nadeo Argawinata menangkap bola.
Memasuki 15 menit terakhir, timnas Indonesia sedikit mengendurkan serangan dan lebih fokus untuk bertahan. Meski demikian, timnas Indonesia tetap berbahaya saat serangan balik.
