Sejalan inovasi tadi, terkait upaya penguatan siswa Jurusan Agama sebagai kader ulama, mereka digerakkan/didorong memperbanyak hafalan Quran. Hasil di bagian kegiatan menghafal Al Quran ini, seperti terlihat pada khatam Quran siswa Kelas-III (Agama, termasuk MIPA dan IPS) nya tiap tahun, terjadi peningkatan.
Khatam Quran 10 April 2021 lalu, misalnya, dari 126 orang murid Kelas III (Agama, MIPA dan IPS), sekitar 100 orang hafal di atas 10 juz. Itu berarti, mayoritas murid dari Jurusan MIPA dan IPS juga hafal Quran di atas 10 juz (baca juga; Alumni 2021 MA-KMM Kauman, 3 orang Hafal Quran 30 juz,100 orang di atas 10 juz).
Termasuk banyaknya hafalan Quran murid-murid MA-KMM Kauman dari Jurusan MIPA (Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam) dan IPS (Ilmu Pengetahuan Sosial), karena mereka juga masuk dalam program hifzil Quran. Sebab, mereka diharapkan akan tampil jadi calon-calon cendekiawan muslim.
Berkenaan itu, seperti diungkap oleh Wakepsek Kurikulum, Meri Astuti, sistem pengajaran sains pada siswa MIPA dan IPA diintegrasikan dengan Al Quran. Selain itu, pengantaran awal dan penutupan pemberian materi pelajaran oleh guru memakai Bahasa Arab dan Inggris. Sedang penjelasannya pakai Bahasa Indonesia.
